教学辅助部门

• 图书馆
• 档案馆、校史办
• 现代教育技术与实践训练中心
• 信息与网络中心
• 厦门大学学报（自然版）编辑部
• 医院
• 厦门大学学报（哲社版）编辑部
• 厦门大学出版社
• 厦门大学资产经营公司
• 厦门大学后勤集团
• 厦门大学（深圳）研究院
• 厦门大学分析测试中心
• 教师发展中心
• 国际学术交流中心
• 职工夜校
• 实验动物中心
• 招投标中心

群众团体

• 校工会
• 校团委
• 厦大科协
• 厦门大学留学生同学会
• 厦大妇女委员会
• 厦大老年大学
• 厦门大学关工委

附属学校

• 附属科技中学
• 附属实验中学（漳州）
• 附属音乐学校
• 附属厦门第二中学
• 附属实验小学（漳州）
• 附属演武小学

附属医院

• 附属中山医院
• 附属厦门眼科中心
• 附属东南医院
• 附属东方医院
• 附属第一医院
• 附属成功医院
• 附属福州第二医院
• 附属翔安医院（直属）
• 附属心血管病医院
• 附属妇女儿童医院