自然科学学部
数学科学学院
系：- 数学与应用数学系
- 信息与计算数学系
- 概率与数理统计系
- 厦门大学公共数学教学部
- 厦门大学数学研究所
- 厦门大学精算学研究中心
- 数学科学学院计算科学实验中心
物理科学与技术学院（理学部分）
系： 国家级平台：- 厦门大学国家集成电路产教融合创新平台
- 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心
- 柔性物质研究及应用创新引智基地
- 福建省半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心
- 福建省半导体材料及应用重点实验室
- 福建省柔性功能材料重点实验室
- 福建省低维凝聚态物理高校重点实验室
- 福建省天体物理与天文仪器高校重点实验室
- 厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心
- 厦门市柔性功能材料与器件工程技术研究中心
- 厦门大学理论物理与天体物理研究所
- 厦门大学半导体光子学研究中心
- 厦门大学生物仿生及软物质研究院
- 厦门大学九江研究院
化学化工学院（理学部分）
系：- 化学系
- 化学工程与生物工程系
- 化学生物学系
- 醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室（厦门大学）
- 新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室(厦门大学)
- 福建省化学生物学重点实验室
- 福建省理论与计算化学重点实验室
- 福建省电化学工程技术研究中心
- 福建省纳米制备技术工程研究中心
- 福建省新能源汽车动力电池及储能关键材料工程实验室
- 福建省高校化石能源化学与化工重点实验室
- 福建省高校无机化学与功能材料重点实验室
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室
- 厦门市合成生物技术重点实验室
- 理论化学研究中心
- 纳米科技中心
- 化学电源研究中心