工程技术学部
物理科学与技术学院（工学部分）
系： 国家级平台：- 厦门大学国家集成电路产教融合创新平台
- 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心
- 柔性物质研究及应用创新引智基地
- 福建省半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心
- 福建省半导体材料及应用重点实验室
- 福建省柔性功能材料重点实验室
- 福建省低维凝聚态物理高校重点实验室
- 福建省天体物理与天文仪器高校重点实验室
- 厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心
- 厦门市柔性功能材料与器件工程技术研究中心
- 厦门大学理论物理与天体物理研究所
- 厦门大学半导体光子学研究中心
- 厦门大学生物仿生及软物质研究院
- 厦门大学九江研究院
化学化工学院（工学部分）
系：- 化学系
- 化学工程与生物工程系
- 化学生物学系
- 醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室（厦门大学）
- 新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室(厦门大学)
- 纳米材料制备技术国家地方联合工程研究中心
- 福建省化学生物学重点实验室
- 福建省理论与计算化学重点实验室
- 福建省电化学工程技术研究中心
- 福建省纳米制备技术工程研究中心
- 福建省新能源汽车动力电池及储能关键材料工程实验室
- 福建省高校化石能源化学与化工重点实验室
- 福建省高校无机化学与功能材料重点实验室
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
- 厦门市分子纳米技术与分析科学重点实验室
- 厦门市合成生物技术重点实验室
- 理论化学研究中心
- 纳米科技中心
- 化学电源研究中心
信息学院（特色化示范性软件学院）
系： 教育部批准设立的机构： 福建省批准设立的研究机构：- 海西工业技术研究院通信工程技术中心
- 福建省无线通信接入工程中心
- 智能信息技术福建省高校重点实验室
- 福建省电子与通信工程实验教学中心
- 福建省智慧城市感知与计算重点实验室
- 福建省海西卫星导航定位技术协同创新中心
- 数字福建物联通信和体系架构安全技术重点实验室
- 数字福建健康医疗大数据研究所
- 数字福建城市交通大数据研究所
材料学院
系：建筑与土木工程学院
系： 校批机构：- 建筑与土木工程学院教学实验中心
能源学院
系：- 新能源学系
- 储能学系
- 能源研究院
- 新能源装备研究院
- 福建省新能源产业技术开发基地
- 福建省核能工程技术研究中心
- 福建省生物质清洁高值化技术工程研究中心
- 厦门市生物质清洁高值化利用重点实验室
萨本栋微米纳米科学技术研究院
校批机构：- 微机电中心
- 光子学中心
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室
厦门大学生物仿生及软物质研究院
航空航天学院
系： 校批机构：石墨烯工程与产业研究院
电子科学与技术学院（国家示范性微电子学院）
系（研究院）： 国家级平台：- 厦门大学国家集成电路产教融合创新平台
- 电子信息国家级实验教学示范中心
- 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心
- 福建省半导体照明工程技术研究中心
- 福建省集成电路设计工程技术研究中心
- 福建省电子设计自动化工程研究中心
- 福建省等离子体与磁共振研究重点实验室
- 福建省LED照明与显示行业技术开发基地
- 福建省光电照明与显示企业服务型制造公共服务平台
- 集成电路设计与测试分析福建省高校重点实验室
- 电磁波科学与探测技术福建省高校重点实验室
- 厦门市面向集成电路的多物理计算重点实验室